De samenwerking van het Fonds met de Koning Boudewijnstichting berust op twee pijlers: onderwijs via projecten voor sociale integratie en steun aan de restauratie van het emblematische erfgoed van België. Het Fonds Baillet Latour wil de integratie van kinderen uit kansarme gezinnen bevorderen en ondersteunen, door hen te laten deelnemen aan buitenschoolse activiteiten. Het initiatief is toegespitst op het Brussels Hoofdstedelijk Gewest. Daartoe lanceert de Koning Boudewijnstichting een tweejaarlijkse projectoproep. De door de jury geselecteerde organisaties ontvangen gedurende twee jaar financiële steun en hulp op maat om hun activiteiten te ontwikkelen. Voor elke oproep worden ongeveer twintig projecten geselecteerd.
Voor de steun aan de restauratie van het erfgoed heeft het Fonds zijn aanpak geoptimaliseerd door de Koning Boudewijnstichting te belasten met het oproepen van projecten die voor financiële steun in aanmerking komen. Zijn rol bestaat er hoofdzakelijk in de dossiers voor te bereiden met het oog op de voorlegging ervan aan de raad van bestuur van het Fonds.
Enkele van de geselecteerde werken: het Maria-altaar in de Sint-Pieterskerk in Virginal, de verluchte handschriften van de Maurits Sabbe-bibliotheek van de KU Leuven, de volledige reeks van 8 wandtapijten met als thema "Het leven van Christus" (Jasper van der Borcht 1730 en Jan van Orley (1665-1735)), de archieven van Georges Lemaître, de achttiende-eeuwse kledij uit de collectie van het Arthur Merghelynck Hotel-Museum in Ieper, Europese prenten van Dürer tot Rembrandt, het Lam Gods van de gebroeders Van Eyck, ...